วิหารเนียวไรโด เป็นวิหารสักการะหลักของวัดเซ็นจุจิและเป็นที่ประดิษฐานองค์ประธานในการบูชาหลักคือ พระพุทธรูปพระอมิตาภพุทธเจ้า (อมิดะเนียวไร) ซึ่งเป็นที่มาของชื่อวิหาร พระอมิตาภพุทธเจ้ายังเป็นที่รู้จักในนาม พระพุทธเจ้าแห่งแสงสว่างและชีวิตอันไม่มีที่สิ้นสุด และเป็นเทพเจ้าหลักของพุทธศาสนานิกายโจโด ชินชู ผู้ศรัทธาจะสวดมนต์บทเนมบุตสึว่า "น้อมนมัสการพระพุทธเจ้าแห่งแสงสว่างอันไม่มีที่สิ้นสุด (นามุ-อมิตา-บุตสึ)" ซึ่งแสดงออกถึงความศรัทธาและความสำนึกในบุญคุณต่อพระอมิตาภพุทธเจ้า

ต่างจากวิหารมิเอโด วิหารเนียวไรโดสร้างขึ้นในรูปแบบสถาปัตยกรรมแบบเซน และมีขนาดประมาณครึ่งหนึ่งของวิหารมิเอโด แต่มีความสูงเท่ากับวิหารมิเอโด ลักษณะทางสถาปัตยกรรมของวิหารเนียวไรโดบ่งชี้ถึงความสำคัญในฐานะวิหารหลักของวัดเซ็นจุจิ หน้าจั่วโค้งเหนือทางเข้า และหลังคาเพิงที่คลุมรอบกลางโครงสร้างนั้นเป็นส่วนที่สร้างได้ยากและมีค่าใช้จ่ายสูงในศตวรรษที่ 18 ซึ่งเป็นช่วงที่มีการก่อสร้างวิหารแห่งนี้ ใต้ชายคาของหลังคาทรงจั่วผสมปั้นหยามีงานแกะสลักที่ละเอียดอ่อน ตัวอย่างเช่น รูปแกะสลักนกกระเรียน ใต้จั่วทิศตะวันออกและตะวันตกของวิหารเนียวไรโดนั้นดูเหมือนจริงมาก จนกล่าวกันว่าพวกมันเพิ่งบินขึ้นไปหลังจากแวะเยือนสระน้ำด้านหลังวิหาร

หลังคากระเบื้องขนาดใหญ่มีน้ำหนักค่อนข้างมาก และหลังคาชั้นบนได้รับการรองรับส่วนหนึ่งด้วยชุดคานค้ำยันแบบหลายชั้นที่อยู่ระหว่างหลังคาทั้งสองชั้น ปลายของคานค้ำยันเหล่านี้แกะสลักเป็นรูปมังกร ซึ่งมีปากสลับกันระหว่าง อ้าและหุบ เป็นการแสดงออกถึงเสียงแรกและเสียงสุดท้ายของพยางค์ภาษาญี่ปุ่น คือ "อา" และ "อุน" ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของจุดเริ่มต้นและจุดสิ้นสุดของสรรพสิ่ง นอกเหนือจากมังกรแล้ว ยังมีการแกะสลักรูปช้าง (ซึ่งมีความสำคัญทางจิตวิญญาณในพุทธศาสนา) และ บากุ (สัตว์ในตำนานที่เชื่อกันว่ากินโลหะ ซึ่งช่วยป้องกันสงคราม) ไว้บนคานค้ำยันด้วย

องค์ประธานในการบูชาคือ พระอมิตาภพุทธรูปยืนที่ทำจากไม้และปิดด้วยทองคำเปลว ซึ่งเป็นผลงานของ ไคเคอิ(ไม่ทราบปี) ศิลปินชั้นนำของสำนักประติมากรรมพุทธศาสนาเคอิ ผู้มีบทบาทในช่วงเปลี่ยนศตวรรษที่ 13 เหนือองค์พระอมิตาภพุทธเจ้า บนช่องลมนั้นมีแผงสามชิ้นที่แสดงภาพกลุ่มเมฆสีทองหมุนวน มีรูปนก และเครื่องดนตรีหลายชนิด ลอยและบินอยู่ท่ามกลางเมฆ รวมถึงขลุ่ย, กลองไทโกะ, และหอยสังข์ ส่วนช่องลมที่ตั้งฉากกับแท่นบูชามีงานแกะสลักรูปสัตว์อย่างละเอียด เช่น ลิง, กระต่าย, ม้า, และเสือ

การก่อสร้างวิหารเนียวไรโดใช้เวลาประมาณสามสิบปี โดยส่วนใหญ่เป็นผลมาจากระยะเวลาที่ใช้ในการระดมทุนเพื่อดำเนินโครงการให้เสร็จสิ้น การก่อสร้างเริ่มขึ้นในปี ค.ศ. 1719 และดำเนินไปอย่างต่อเนื่องเป็นเวลาหกปีก่อนจะหยุดชะงักเนื่องจากขาดแคลนเงินทุน งานเริ่มขึ้นอีกครั้งในปี ค.ศ. 1740 และวิหารก็เสร็จสมบูรณ์ในที่สุดในปี ค.ศ. 1748 ต่างจากวิหารมิเอโด วิหารเนียวไรโดสร้างโดยช่างฝีมือท้องถิ่นและได้รับเงินทุนสนับสนุนจากฆราวาส วัดยังคงเก็บรักษาบันทึกทั้งหมดของกระบวนการก่อสร้างไว้ ตั้งแต่แผนเริ่มต้นไปจนถึงการจัดซื้อวัสดุ รวมถึงรายชื่อผู้บริจาคและเงินบริจาคของพวกเขาอย่างสมบูรณ์