如來堂是專修寺的主殿，供奉著本尊阿彌陀如來立像，因而得名。阿彌陀如來又稱為無量光佛、無量壽佛，是淨土真宗的本尊。信徒們唱誦念佛「南無阿彌陀佛」，表達對阿彌陀佛的虔誠信仰和感恩。

有別於御影堂，如來堂採用禪宗建築風格，面積大約是御影堂的一半。但是，其高度與御影堂相當。如來堂的建築特色彰顯了其作為專修寺主殿的重要地位。這座殿堂建造於十八世紀，當時入口的弧形山牆以及環繞建築中部的裳階屋頂建造起來極為困難，而且成本相當昂貴。歇山頂的屋簷下方飾以精緻華美的雕刻。例如，如來堂東西山牆下的鶴栩栩如生，據說牠們是在造訪如來堂後方的池塘後才飛走的。

巨大的瓦片屋頂相當沉重，上層屋頂部分由兩層屋頂之間的分層斗拱所支撐。這些斗拱的末端雕刻成龍的形狀。龍嘴時而張開，時而閉合。這是為了表現日文五十音中的首音「啊」和尾音「嗯」，象徵著萬物的起始與終止。除了龍之外，斗栱上還雕刻著大象（在佛教中具有精神意義）和貘（傳說中的生物，據說能吞食金屬，因而預防戰爭）。

主要供奉對象是一尊貼滿金箔的阿彌陀如來木雕立像。這尊立像是快慶（生卒年不詳）的作品，快慶是十三世紀初活躍的佛像雕刻慶派的代表性藝術家。阿彌陀如來立像上方的橫樑上有三塊描繪旋繞金色雲彩的飾板。在雲朵間漂浮飛翔的有鳥類和眾多樂器，包括笛子、太鼓和法螺貝。與內陣垂直的梁柱則細緻雕刻著猴子、兔子、馬和老虎等動物圖案。

如來堂的興建總共耗時三十年左右，主要是為了籌集足夠的資金來完成工程。於1719年開始興建，工程持續了六年，後來由於資金不足導致工程停滯。於1740年重新開工，這座正殿最終於1748年完工。與御影堂不同，如來堂是由當地工匠建造，並由一般信眾出資。該寺至今仍保留著整個興建過程的所有記錄，從最初計劃到採購材料，以及完整的捐贈者名單與捐款金額。