如来堂位于御影堂的西侧，并排南面而立。如来堂的本尊为阿弥陀如来立像，该像亦被称为“证据如来”，在教义上如来堂就是寺院的正殿。

如果说御影堂的建筑是以宽广的空间而闻名，那么如来堂则是以巧夺天工般的品质而受到尊崇。如来堂正面宽25.66米，进深26.62米，歇山顶，本瓦葺。尽管建筑面积仅为御影堂的一半，如来堂自有与如来佛殿相匹配的华丽。

如来堂的屋顶有两层，栋高与御影堂几乎相等，庄严而华美，彰显着正殿的威严。外观也因此看起来像是二层建筑，但实际上如来堂并没有两层，下层的装饰屋顶被称为“裳层”，共有三种屋檐。从上层屋顶屋檐的组合方法来看，建筑手法采用的是“禅宗样”。此外，名为“尾垂木”的顶端是象、龙、貘的雕刻，下层的蟾蜍蟇股则是根据中国故事而雕刻的人物，每个部分都十分精美，巧夺天工。

关于如来堂的建造，可以通过《如来堂御建立录》（高木家旧藏）和修理工程中发现的墨书铭等史料等了解其经过。《如来堂御建立录》不仅记录了从建造如来堂的计划发表到完成的概略经过，还记录了高田派各寺院和门信徒筹集资金的情况等，包括时间年代都有详细记载。

根据这些史料的记载，如来堂的建造发愿于享保4年（1719年），由于资金困难，工程进度滞后，其后由于地基松软，地基建设又花了三年的时间。据说东南角基石上的刻铭，是为了纪念当时一位名叫勘六的老人，据传他就是“人柱”，历史真伪有待考证，但人柱附近的地基根据后来的调查，确实是最松软的地方。

据记载如来堂上梁是在延享元年（1744年）3月24日，落成迁佛是在宽延元年（1748年）7月18日。相传当时当纲的木匠是近江八幡的高木但马，副手是白冢的长谷川十右卫门和滨田的村田喜太郎。

此外，昭和58年（1983年）如来堂开始了耗时7年半的大型修缮工程，总工程费高达14亿8千万日元，修缮工程于平成2年（1990年）3月完成。