วิหารมิเอโดคือวิหารที่สร้างขึ้นเพื่อประดิษฐานรูปเคารพของผู้ก่อตั้งวัด ที่วัดเซ็นจุจิ วิหารมิเอโดเป็นที่ประดิษฐานพระรูปไม้ของชินรัน โชนิง (ค.ศ. 1173–1263) ผู้ก่อตั้งพุทธศาสนานิกายโจโด ชินชูและวัดเซ็นจุจิ มีรูปเหมือนของเจ้าอาวาสรุ่นต่อๆ มาแขวนอยู่ขนาบข้างพระรูปของชินรัน

วิหารมิเอโดได้รับการออกแบบมาเพื่อแสดงถึง จักรวาลวิทยาของนิกายโจโด ชินชู ผ่านสถาปัตยกรรม ภายในวิหาร บริเวณใกล้ทางเข้าจะดูเรียบง่ายและไม่มีการตกแต่งใดๆ แต่ผนังด้านในสุดกลับถูกคลุมด้วย ทองคำเปลว และ จิตรกรรมสีสันสดใส แท่นบูชาด้านในยังปิดด้วยทองคำเปลวเช่นกัน ซึ่งเป็นสัญลักษณ์แทน โกคุราคุ หรือ แดนสุขาวดี ของพระอมิตาภพุทธเจ้า ผู้เป็นพระพุทธเจ้าแห่งแสงสว่างและชีวิตอันไม่มีที่สิ้นสุด เชื่อกันว่าดอกไม้จะร่วงหล่นลงมาจากท้องฟ้าในแดนสุขาวดี ดังนั้น แผ่นกระดานของเพดานลายตารางจึงถูกวาดด้วยลวดลายดอกเบญจมาศ

แผ่นป้ายที่ติดอยู่บนช่องลมเหนือแท่นบูชาอ่านว่า "เค็นชิน " ซึ่งเป็นศัพท์ทางพุทธศาสนาที่หมายถึง "การค้นพบความจริงด้วยปัญญา" คำนี้ยังเป็นครึ่งแรกของนามหลังเสียชีวิตของชินรันคือ เค็นชิน ไดชิ ช่องลมเหล่านี้ประดับด้วยลวดลายเรขาคณิตสีน้ำเงิน เขียว และแดง ส่วนช่องลมด้านบนมีการแกะสลักรูปนกและดอกโบตั๋นสีแดงและขาว และช่องลมด้านล่างตกแต่งด้วยงานแกะสลักดอกโบตั๋นขนาดใหญ่ ที่คลุมด้วยทองคำเปลว ต้นบัวและดอกบัวเป็นลวดลายที่ปรากฏซ้ำๆ บนผนังวิหารและเป็นสัญลักษณ์ของศักยภาพของมนุษย์ในการบรรลุสู่สุขาวดี ดั่งเช่นดอกบัวที่งอกขึ้นจากโคลน มนุษย์ก็สามารถหลุดพ้นจากโลกียะเพื่อก้าวสู่แดนบริสุทธิ์ได้เช่นกัน

วิหารมิเอโดดั้งเดิมสร้างเสร็จสมบูรณ์ในช่วงทศวรรษ 1400 แต่ถูกไฟไหม้ในปี ค.ศ. 1645 การบูรณะเริ่มต้นขึ้นในปี ค.ศ. 1666 และแล้วเสร็จในปี ค.ศ. 1679 ทำให้วิหารมิเอโดเป็นอาคารที่เก่าแก่ที่สุดของวัดเซ็นจุจิ วิหารเดิมหันหน้าไปทางทิศใต้ แต่ในช่วงปี 1600 วัดส่วนใหญ่ในนิกายโจโด ชินชูมักสร้างให้หันหน้าไปทางทิศตะวันออก เพื่อสื่อถึงตำแหน่งของแดนสุขาวดีซึ่งอยู่ทางทิศตะวันตก มีการถกเถียงกันอย่างมากว่าจะเปลี่ยนทิศทางของวิหารหรือไม่ แต่ในที่สุดวิหารมิเอโดก็ถูกสร้างใหม่ให้หันหน้าไปทางทิศใต้ ด้วยเหตุผลเชิงปฏิบัติ เช่น ข้อเท็จจริงที่ว่าถนนแสวงบุญไปยังอิเสะอยู่ทางด้านใต้ของวัด และการที่โคมไฟและเทียนของวัดจะถูกลมตะวันออกเฉียงเหนือที่แรงพัดดับลงในช่วงฤดูใบไม้ผลิและฤดูร้อน

ช่างไม้และช่างฝีมือหลายคนที่สร้างวิหารมิเอโดใหม่ ได้รับการว่าจ้างโดยรัฐบาลโชกุนโทคุกาวะ ส่วนใหญ่อยู่ในภูมิภาคคันโต และหลายคนเคยทำงานในวิหารต่างๆ ที่เมืองนิกโกในจังหวัดโทชิกิ วิหารมิเอโดสร้างขึ้นในสไตล์ญี่ปุ่นดั้งเดิม และมีหลังคาทรงจั่วผสมปั้นหยาที่ประดับด้วยงานแกะสลักอย่างละเอียดบริเวณพื้นที่ใต้จั่ว

วิหารมิเอโดเป็นอาคารที่ใหญ่ที่สุดของวัดเซ็นจุจิครอบคลุมพื้นที่กว่า 1,400 ตารางเมตร หรือ เท่ากับ 780 เสื่อทาทามิ วิหารแห่งนี้ถูกออกแบบมาเพื่อเป็นห้องโถงสำหรับการรวมตัวขนาดใหญ่ และยังคงใช้สำหรับแสดงพระธรรมเทศนาและประกอบพิธีกรรมอื่นๆ โดยมีพิธีจัดขึ้นทุกวันในเวลา 7 โมงเช้า