山門是寺院的正門，標誌著神聖寺院境內與外頭俗世的分界。專修寺山門的上層為參拜空間，裡頭供奉著釋迦牟尼（歷史上的佛陀）和脅侍的兩尊佛像。

專修寺山門是這類門樓中最正式規格，與正對面的御影堂相得益彰。這道山門結構由五列、每列六根柱子支撐，形成五個開放的「間」。一個「間」指的是主柱之間的寬度，約略小於2公尺的空間。山門中間的三間各設有一組厚重的木製雙扇門。

山門下層直接將承重的「插肘木」插在主柱來支撐上層，而不是在柱頂放置斗拱。它和建於1425年的京都東福寺三門相似，但山門內側位於中央的三間屋簷突出延伸屬於專修寺獨特的建築手法。

這道山門從1693年開始建造，於1704年完工。這些日期是從1993年開始的三年整修工程中發現的瓦片刻銘而得知。山門寬20公尺、深9公尺、高15.5公尺。