御影堂是日本第五大国宝木造建筑。面积为七百八十张（榻榻米），大堂正中央的须弥坛上安放着宗祖亲鸾圣人(1173年–1263年)的木像，历代住持的画像则被恭敬地安放在侧坛和两侧空间里。

御影堂为单层歇山顶，本瓦葺。正面宽度42.72米，进深33.5米。御影堂建成当初，安放在门口的石狮口中刻有“宽文7年卯月吉日”的字样，明确记载了建造年份，亦是研究御影堂历史的重要资料。

正保二年（1645年）的大火烧毁了寺院的主要建筑后，重建于“津藩”赠与的新领地内，当时的住持尧秀上人主张让御影堂朝东，而门徒主张朝南，而现在看御影堂是朝向南方的。建筑朝向不仅有宗教方面的考虑，也有实际风向等考虑。

御影堂于宽文六年（1666年）上梁，延宝七年（1679年）举行了落成供养法事，法事上使用的祷告文留存至今。据传当时的木匠是江户坂本三左卫门、尾张长兵卫，但现在缺少可靠的史料予以佐证。 但是，相传担当权木匠（辅助木匠）的森万右卫门是一身田的居民，之后在长野善光寺本堂建造时，又作为幕府制作方的一员参与了工程建设，对照瓦匠在石狮子口中留下的文字记载，可确定是名为坂井孙右卫门之人。

御影堂是纯日式的建筑风格，外观沉稳而大气。屋顶侧墙装饰是标准的二重虹梁结构，悬鱼也是典型的三花悬鱼，屋顶侧墙周边整体覆有铜板，闪耀着金色五七梧桐花纹的金属配件固定在博风板上，营造出沉稳而坚实的风范。

轩丸瓦建造的参拜廊，通向主殿的虹梁架构等，这些都是江户幕府御用木匠偏爱的建筑手法，绝妙细致的做工令人惊叹，从这些手法可以推测，当纲修建御影堂的匠人与江户幕府有千丝万缕的关系。

御影堂内部的平面图几乎可称为真宗寺院的典范，但是与本愿寺系本堂的不同之处在于，大间部分是长方形，以及两余间的地面最里处最高。这些建筑特色似乎影响了同宗各寺庙，也成了高田派寺院建筑的代表特色。